Campus Den Haag
In samenwerking met de lokale overheid ontstond in 1999 een vestiging van de Universiteit Leiden in Den Haag: de Campus Den Haag. Een krachtige combinatie van Leidse en Haagse expertise op het gebied van recht, bestuur en politiek. De Campus Den Haag groeide in korte tijd uit tot een instituut dat behalve academische opleidingen ook short-trackcursussen, trainingen-op-maat en bijzondere masteropleidingen biedt. 

Het Grotius Centre voor Internationaal Recht van de Campus Den Haag richt zich op alle aspecten van internationaal recht. Het organiseert ondermeer conferenties, cursussen en een 'summer school.' Het was in 2003 een van de vijf onderzoeksinstituten die de Hague Academic Coalition (HAC) oprichtten.
Via onderzoek, voorlichting en publiek debat wil de HAC bijdragen aan de ontwikkeling van internationaal recht en beleid. Ondersteuning van de diverse internationale hoven, tribunalen en andere internationale organisaties bevestigt de rol van Den Haag als 'city of peace and justice'. In 2006 voegde het Hague Institute for the Internationalisation of Law (HIIL) zich bij het samenwerkingsverband.

Het Centre for Government Studies ontwikkelt (interdisciplinair-)wetenschappelijke activiteiten op het gebied van beleid en bestuur. Vanuit diverse invalshoeken worden complexe beleidsthema’s bestudeerd. Ook werkt het Centre for Government Studies aan innovatieve, multidisciplinaire MA-opleidingen. 

Campus Den Haag    
 

TU Delft
De samenwerking tussen de Universiteit Leiden en de Technische Universiteit Delft (TU Delft) geeft beide instellingen meerwaarde. Deze ligt vooral in de complementariteit. De ambitie is om wetenschappelijke en maatschappelijke, multidisciplinaire problemen gezamenlijk aan te pakken. Waar mogelijk worden hierbij ook het HBO en andere kennisinstellingen in de regio betrokken.

De Leidse Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen en enkele Delftse faculteiten werken al enkele jaren samen, onder meer in gezamenlijke opleidingen. Dat biedt een goede basis voor brede, institutionele samenwerking op het gebied van onderwijs, onderzoek, bedrijfsvoering en organisatie.

De TU Delft participeert sinds eind 2005 in de de Campus Den Haag. Beide universiteiten en de gemeente Den Haag willen de campus te ontwikkelen tot een platform voor samenwerking van de universiteiten met andere toonaangevende (inter)nationale instellingen voor wetenschappelijk onderwijs.
 
TU Delft
  

Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC)
Samen met TNO zijn de Universiteit Leiden en het LUMC betrokken bij het Centre for Medical Systems Biology (CMSB). Hierin participeren ook de Vrije Universiteit, de Erasmus Universiteit en hun Medische Centra. In 2003 is een aanzet gegeven tot formele samenwerking op het gebied van tissue remodeling (waaronder stamcelonderzoek), ICZ (informatie- en communicatietechnologie in de zorg) en Public Health.

In 2006 is het LUMC een alliantie aangegaan met het Bronovo-ziekenhuis in Rotterdam. De alliantie is een voortvloeisel uit de reeds jarenlange samenwerking tussen beide ziekenhuizen. Het schaalvoordeel maakt betere patiëntenzorg mogelijk, optimailseert onderwijscapaciteit en -kwaliteit en vergroot de onderzoeksmogelijkheden. 
 
Het LUMC werkt al jarenlang goed en vruchtbaar samen met TNO Preventie en Gezondheid (TNO-PG). Er is geformaliseerde samenwerking op het gebied van Child Health, angiogenese en transgene faciliteiten en sinds 2002 op het gebied van cardiovasculair onderzoek.
 
LUMC  
  
 
Life meets Science
In juli 2003 nam de universiteit het initiatief om op het gebied van de Life Sciences te gaan samenwerken met onder meer kennisinstellingen en ondernemingen in het Leidse Bio Science Park en de lokale en regionale overheid. Onder het motto ‘Leiden – ’ wordt nu gewerkt aan de uitwerking van een tienjarig actieprogramma. Dit richt zich op intensievere wisselwerking op het het gebied van de Life Sciences tussen onderzoek, onderwijs, bedrijfsleven, overheid, publiek en maatschappelijke organisaties. Verder draagt Life meets Science bij aan versterking van het Leidse Life Science-cluster. 

Leiden Bio Science Park
 
 
Naturalis
De Universiteit Leiden en het Nationaal Natuurhistorisch Museum Naturalis werken samen op gebied van onderzoek, onderwijs en popularisering van wetenschap. 

Naturalis
   
 
Gemeente Leiden
In het Netwerk Stadspartners zitten 19 Leidse organisaties waaronder de gemeente Leiden, de Universiteit Leiden, de culturele sector en het Centrummanagement Leiden. Centraal doel is om Leiden, met al haar pronkstukken, zo goed mogelijk te promoten zodat er meer bezoekers, studenten, toeristen, congressen, evenementen en bedrijven naar Leiden komen.

Stadsportal Leiden
Gemeente Leiden